La primera noticia de un instituto de enseñanza secundaria en Zamoranos la ofrece la Real Orden del 12 de Julio de 1846 por la que se crea en Zamora capital un Instituto Provincial de Segunda Enseñanza que iniciaría sus actividades docentes el 7 de Octubre de ese mismo año. El edificio se ubicó en lo que hoy es la Casa de Cultura, contiguo a la iglesia de la Concepción y sobre el antiguo convento de San Francisco.
El inexorable paso del tiempo produjo los consabidos deterioros en el antiguo edificio y ya a finales de siglo se fue pensando en edificar uno nuevo, sin que el proyecto se hiciera realidad, hasta que intervinieron una serie de factores que produjeron la Real Orden del 14 de Marzo de 1902, firmada por la reina vigente, por la que se instaba las autoridades locales a que iniciaran los tramites necesarios para buscar solar para el nuevo edificio.
El Plan de los Institutos Generales y Técnicos era demasiado ambicioso para ser asumido por el vetusto edificio de la actual plaza Claudio Moyano. Por ello, las autoridades ministeriales pensaron en aprovechar la coyuntura que se ofrecía y con el interés de las instituciones locales (Diputación y el mismo Ayuntamiento), se promulgó el mencionado Real Decreto de Marzo de 1902 por el que se dotaba de fondos para la construcción del nuevo edificio.
Los pasos siguientes son conocidos. La Comisión Provincial inicia sus gestiones para adquirir el solar y aquí se plantea una curiosa polémica que, sin lugar a dudas, traerá consecuencias para el desarrollo urbanístico de la capital.
Con anterioridad a esa polémica se encarga el Proyecto del nuevo edificio al arquitecto madrileño (al menos de adopción) Miguel Mathet y Coloma, concretamente el día 22 de Julio de 1901.Don Miguel Mathet y Coloma era natural de Toledo. Nació en esta ciudad en 1849. Termina en 1872 la carrera de arquitecto y se licencia después en Derecho en la Universidad Central. Como abogado ejerció el cargo de Consultor de la Sociedad Central de Arquitectos y como arquitecto lo fue del Ministerio de Fomento y del Real Patrimonio. Así mismo fue académico de la Escuela de Bellas Artes de San Fernando. Su muerte se produce antes de que el edificio que proyectó para Zamora se encuentre terminado, ya que fallece en 1909.

El 30 de Mayo de 1902 el Heraldo se hacia eco de la polémica arriba aludida cuando afirmaba que "otorgada ya la escritura para las obras del nuevo Instituto se ha ce preciso resolver con toda urgencia el sitio para su emplazamiento..."

El nuevo edificio quedaba así situado en una amplia zona descampada solamente acompañado por la denominada "Casa de la Guarda" (1910), el barrio "Peña" y el importante barrio de la "Candelaria". Por esos años iniciales del siglo XX el Instituto se convirtió en el símbolo de una expansión anunciada pero que habría de tardar casi dos décadas en hacerse realidad.
La colocación de la primera piedra del Instituto fue todo un acontecimiento social y político. Esto se produjo un 29 de Junio de 1902, lluvioso y desapacible. Los detalles son de sobra conocido pero el acto se convirtió en toda una fiesta de Liberalismo a la que asistieron el propio Ministro Romanones, Federico Requejo y Miguel de Unamuno. El plano original del arquitecto Mathet concebía un edificio de amplias proporciones. Se afirma, no con muchas pruebas, que el Plano del Instituto fue escogido al azar que ya estaba realizado cuando se decidió construir un nuevo Instituto en Zamora.

Se hablaba así de que era una Escuela de Bellas Artes para Sevilla, Guadix, Málaga, etc... No hay pruebas al respecto, pero se puede aceptar la hipótesis argumental del que el proyecto se hizo como un prototipo de los nuevos Institutos Genrales y Técnicos

que el liberalismo habría de construir en todas las capitales de provincia.
Desde la colocación de la primera piedra hasta su definitiva entrega el edificio tardó diecisiete años en ser habilitado como centro de Enseñanza. Es decir, desde el 29 de Junio de 1902 hasta el mes de Enero de 1919 en que fue ocupado por la primera promoción de estudiantes con su director al frente se trasladaron desde el vetusto edificio antiguo al nuevo por absoluta necesidad de evitar la grave epidemia de gripe que azotaba ese mes a la capital. Por fin el día 1 de Octubre de 1919 se realizó el acto inaugural de manera oficial.

El proyecto inicial fue cambiado sobre la marcha construyendo un centro más pequeño de lo previsto. Casi cuarenta metros de diferencia había entre lo que tenía el edificio en el plano de Mathet y lo que en realidad se hizo. Así mismo, se rebajo un poco la altura del edificio y se simplificaron algunos detalles decorativos.

En el interior la disposición de los espacios sufrió variaciones importantes: la Biblioteca no estuvo ubicada en la zona octogonal y el Paraninfo la sustituyo en beneficio de un espacio central ocupado por otras naves transversales que empequeñecieron los patios originalmente proyectados.

Con el transcurso del tiempo, el centro seguía siendo motivo de quejas. En 1925, concretamente el 20 de Julio, y con motivo de la visita a la capital del Monarca Alfonso XIII el Claustro se manifiesta preocupado por lo deterioros aún visibles: "... dará ocasión para que nuestro soberano advierta principalmente la deficiencias, que tanto en el local como en el material existen y que no han podido ser subsanadas a pesar de las repetidas instancias... "

El edificio no sufrió variaciones singulares hasta bien entrados los años cuarenta. En 1944 donde primitivamente debería estar la parte superior del gimnasio.
Por aquellas fechas se instaló un nuevo sistema de calefacción o al menos se amplió el existente, son olvidar que también se inauguró una nueva biblioteca donde originalmente estaba pensado ubicar el salón principal del Centro.
En los años sesenta, ya siendo director Don José Rubio y Alija, el Centro sufre un profunda reforma, aunque más bien dedicada a remozar su aspecto y a dotarle de ciertos servicios. No se trató de una reforma estructural, pero dotó al centro de pisos de terraza, se bajaron los techos, se le dotó de una nueva instalación eléctrica y se instaló un servicio de megafonía.

Hasta 1990 el Centro no ha sufrido cambios significativos, pese a que los imperativos de unos nuevos planteamientos educativos hacían necesario una profunda remodelación de este edificio singular que señorea la historia más reciente de la capital zamorana